分子建模（英語：Molecular modelling）或稱分子模擬，是指利用理論方法與計算技術，模擬出化學分子的外觀或性質，屬於計算化學與計算生物學領域的研究對象。並且是化學與生物學上，如結構生物學等學門所應用的研究方法。 分子建模中最理想化即为量子力学（quantum mechanics，QM），包括从头算（ab...

纳米粒子已在各种诊断测定和传感器中得到应用。 分子建模已成为 MIP 设计和分析中的一种便捷选择，结合一系列不同的技术，它可以用于快速选择单体和优化聚合物组。 分子建模在这方面的应用通常归功于Sergey Pletsky和他的访问学生 Sreenath Subrahmanyam，他们开发了一种方法，可以使用分子力学方法针对给定的目标或模板自动筛选大型单体数据库...

Sirius可视化软件（简称Sirius）是圣地亚哥超级计算机中心（San Diego Supercomputer Center）所开发的一个分子建模与分析系统。Sirius设计旨在支持除简单显示小分子和蛋白质的之外的高级用户需求。 计算机图形学 可视化 信息可视化 科学可视化 分子建模...

分子可視化的Jmol使用的配色方案，R列是Rasmol使用的配色方案，其顯示兩種顏色，第二種表是2.7.3及以後版本所使用的顏色。所有的顏色都很相似的，並且可能依賴於顯示硬件和觀看條件。 分子圖形學 球棒模型 空間填充模型 分子力學建模軟體 Robert B. Corey...

是甚麼機制促使某些物質成為特別有效的化學反應催化劑。 是甚麼機制促使某些物質能夠特別有效地俘獲太陽能，並且將其轉換為化學能？ 玻恩–奥本海默近似 分子能级 分子建模 光谱学 Molecular Physics. University of Delaware Department of Physics and...

分子动力学是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠计算机来模拟分子、原子体系的运动，是一种多体模拟方法。通过对分子、原子在一定时间内运动状态的模拟，从而以动态观点考察系统随时间演化的行为。通常，分子、原子的轨迹是通过数值求解牛顿运动方程得到，势能（或其对笛卡尔坐标的一阶偏导数，即力）通常可以由分子...

非共價鍵 化学品列表 星際分子列表 分子結構建模軟體列表（英语：List of software for molecular mechanics modeling） 分子哈密頓算符（英语：Molecular Hamiltonian） 多原子離子 分子轨道 分子建模 分子設計軟體（英语：Molecular...

VMD(英語：Visual molecular dynamics, 可视化分子动力学)是一套分子建模与可视化软件，主要用来分析分子动力学模拟的实验数据。同时，软件也包含处理长度与提及相关数据的模块，能可视化与分析轨迹，添加任意图形，并能导出成其他软件能利用的格式例如POV-Ray，PRMan，VRM...

在许多分子建模和计算化学程序中，Z-矩阵用于为分子系统创建输入文件。熟练选择内部坐标可以使结果的解释简单明了。另外，由于Z矩阵包含的分子连接性信息（虽然并不总是包含此信息）可以用于更有根据地猜测初始的黑塞矩陣，一些量子化学计算（比如结构优化）可以因此而加快速度。目前，Z矩阵通常是首选的分子...

MolyMod使用的是早期的CPK配色  ：氫  ：碳  ：氮  ：氧 也有使用到Koltun專利的部分顏色:  ：硫  ：磷  ：鹵素 ：金屬。 分子模型 分子建模 Wood, E. J., and B. J. Gray. "A class practical using space‐filling models...

亞佛加厥（英語：Avogadro）是一個分子編輯軟體，是一款自由軟體，被設計用於計算化學，分子建模，生物化學，材料科學， 以及相關領域的跨平台軟體。並且提供添加插件，附加元件或外掛程式的功能。其名稱是以義大利化學家亞佛加厥命名的。 分子構造/編輯器可在Windows， Linux和Mac OS X三種平台上運作。...

球棍模型（英語：Ball-and-stick models）是一種空間填充模型（space-filling model），用來表現化學分子的三維空間分佈。在此作圖方式中，桿代表共價鍵，可連結以球表示的原子中心。 最早的球棍分子模型是由德國化學家奧古斯特·威廉·馮·霍夫曼（August Wilhelm von Hofmann）所作，目的是用來講課。...

score中加入了分子动力学引擎。这一功能考虑到了受体的灵活性，并允许在分子对接计算中按含能集成排序。 AutoDock（英语：AutoDock） 分子建模 分子力学建模软件比较（英语：Comparison of software for molecular mechanics modeling） Kuntz...

(工程)：第一批做出來測試用的產品 模型论：數學集合論底下的一研究分支 科学模型：科学研究中对事物的合理简化 数学模型：对所描述的对象用数学语言所作出的描述和处理 分子建模 數據模型 标准模型：物理學描述強力、弱力及電磁力這三種基本力及組成所有物質的基本粒子理論 心智模型 語言模型 對話程式語言模型 大型语言模型 计算机模拟...

物理主题 化学主题 同分異構體 立體效應, 位阻效应 立体配置（英语：Molecular configuration） 分子建模 存档副本. [2021-06-15]. （原始内容存档于2021-06-15）.  存档副本. [2021-06-15]. （原始内容存档于2021-06-15）...

分子结构，或称分子立体结构、分子形状、分子几何、分子几何构型，建立在光谱学数据之上，用以描述分子中原子的三维排列方式。分子结构在很大程度上影响了化学物质的反应性、极性、相态、颜色、磁性和生物活性（英语：Biological activity）。 分子结构最好在接近绝对零度的温度下测定，因为随着温度...

基于生理学的药代动力学 (PBPK) 建模是一种数学建模技术，用于预测合成或天然化学物质在人类和其他动物物种中的吸收 (Absorption)、分布 (Distribution)、代谢 (Metabolism) 和排泄 (Excretion) (总称ADME)。 PBPK建模用于药物研究和药物开发和化妆品或一般化学品的健康风险评估。...

分子力学采用经典力学来模拟分子体系。在分子力学中，使用分子力场方法计算出所有系统的势能。分子力学可用于研究小分子，也可用于研究具有成千乃至上百万原子数的大型生物系统或材料。 全原子分子力学方法具有以下性质： 将每个原子模拟为单个粒子 每个粒子具有一个半径值（通常为范德华半径），极化率和一个恒定的净电荷数（通常来自于量子计算和/或实验）...

周期性边界条件(PBCs)是分子模拟与数学模型中的常用近似方法之一，其思想是用一个称为元胞的周期性盒子来近似地描述宏观的体系。在一个元胞周围有紧密堆积的完全相同的元胞。例如在二维体系中，一个方形元胞四周有相同的元胞(称为"镜像")，若一个粒子从右边边界穿出，则从左边边界对应位置有相同粒子进入，由此保...

brk 。一些分子建模工具根据自己的需要调整基本格式为非标准的PDB样式文件。 GROMACS系列文件格式是为与分子模拟软件包GROMACS一起使用而创建的。它与PDB格式非常相似，但允许额外的数值精度，并可选择保留有关粒子速度以及模拟轨迹中给定点的位置的信息。这是因为它被设计用于存储分子...

模型描述的是理想化的情境，如 George E. P. Box 所言：「所有的模型都是錯的，但有些很有用」。判斷哪些核心部件必須保留、哪些可以簡化是建模的重要步驟。如果所有的細節都包含在內，模型和真實世界是一樣的，則沒有使用模型的意義。 物理中常用的若干简化模型包括无质量的绳子、点粒子、理想氣體以及...

CPK三個字母是來自Corey、Pauling（萊納斯·鮑林）與Koltun。是一種與球棒模型類似，用來表現分子三維空間分佈的分子模型。是球棒模型的進一步發展，可顯示更為真實的分子外型。 分子图形学 Robert B. Corey and Linus Pauling (1953): Molecular...

弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger) 富兰克林·史达 利根川進 莫里斯·威尔金斯 亚历山大·里奇 胥文萱 大隅良典 分子与细胞生物学主题 生物学主题 遗传学主题 分子生物學中心法則 分子建模 细胞生物學（细胞的结構和组成） DNA和染色體结構 蛋白質生物合成（從DNA轉錄為RNA，再從RNA轉譯成蛋白質）...

A,\ f_{x_{0}}\geq f(x)} （“最大化”）。 这样表述后，称作优化问题或数学规划问题。很多现实问题与理论问题都可用这个一般框架建模。 由于下式成立： f ( x 0 ) ≥ f ( x ) ⇔ − f ( x 0 ) ≤ − f ( x ) , {\displaystyle f(\mathbf...

角形分子構型是分子結構中的一種，可以用來描述三個原子的分子，三個原子之間形成二個鍵，但所有原子不處在一條直線上，因此有不為180度的鍵角。 角形分子構型可能是由四面体形分子构型衍生而來，只是鍵結的二個原子改為孤對電子，理想的鍵角為109.5°，不過也常出現105°、107°及109°的鍵角。角形分子...

2022年11月，長江生命科技與晶泰科技開發ＡＩ腫瘤疫苗研發平台，此次與晶泰科技合作，將借助晶泰科技的AI算法、分子建模和自動化實驗等平台技術，加快腫瘤疫苗的研發速度，提高研發的成功率以及增加腫瘤疫苗的殺傷腫瘤效果。 2022年11月30日，長江生命科技旗下公司 WEX...

PyMOL是一个开放源码，由使用者贊助的分子三维结构显示软件。由Warren Lyford DeLano编写，並且由DeLano Scientific LLC將它商業化。DeLano Scientific LLC是一個私人的軟體公司，它致力於創造讓普遍的科學與教育社群都能取得的好用軟體工具。 PyMOL适用于创作高品質的小分子...

Informatics （页面存档备份，存于互联网档案馆） Journal of Biomedical Informatics （页面存档备份，存于互联网档案馆） 生物医学技术 生物医学工程 生物工程 转化医学 生物信息学 计算机科学 信息学 卫生信息学 医学信息学 临床研究信息学 转化研究信息学 分子遗传学 分子建模...

这些表征通常用于存储在大型化学数据库中。 虽然一些格式适用于2或3维的视觉表示，但其他格式更适合于研究物理相互作用，建模和对接研究。 化学数据可以涉及真实或虚拟分子。可以以各种方式产生化合物的虚拟图书馆以探索化学空间,并假设具有所需性质的全新的化合物。...

Avogadro，1776–1856）：義大利化學家 亞佛加厥定律：是一個描述溫度和壓力與分子數關係的定律。 亞佛加厥常數：一個用在物理和化學中的常數。 亞佛加厥計劃：一個量測亞佛加厥數的計畫，參閱公斤 亞佛加厥隕石坑：一個月球上的隕石坑 亞佛加厥（Avogadro）：一個分子建模軟體 亞佛加厥星（12294...

们能够处理大量数据，这两方面的因素共同促成了分子对接方法的出现。 早期的分子对接方法用分子力学方法或者量子化学方法计算小分子之间分子识别，在一些分子模拟软件包中也含有分子对接的模块。但是由于算法和计算机处理能力的限制，早期的对接方法较难处理含有大分子的分子对接过程。...