タンパク質-リガンドドッキング（タンパクしつ-リガンドドッキング、英: Protein-ligand docking）は、分子モデリング技術である。タンパク質-リガンドドッキングの目的は、リガンド（低分子）がタンパク質受容体や酵素に結合したときの位置や配向を予測することである。製薬研究では、様々な...

生化学や薬理学では、リガンド(Ligand; ライガンド)とは生体分子と複合体を形成して生物学的な目的を果たす物質のことを指す。 タンパク質-リガンド結合では、リガンドは通常、標的タンパク質上の結合部位に結合することでシグナルを生成する分子である。 この結合は、通常、標的タンパク質の配座異性体(コンフォメーション)の変化をもたらす。...

分子モデリングの分野では、ドッキング（英: Docking）は、安定なタンパク質複合体を形成するために互いに結合したときに、ある分子の第2の分子に対する好ましい配向を予測する方法である。好ましい配向の知識を使用すれば、例えばスコアリング関数を使用して、2つの分子間の会合の強さや結合親和性を予測することができる。...

ドッキング（英語版） - アメリカ合衆国テキサス州の政治家。 ドッキング (ノーフォーク)（英語版） - イングランドノーフォークの村。 ドッキング (分子) タンパク質-リガンドドッキング 高分子ドッキング（英語版） Docking@Home - コンピューティングプロジェクト ^ “バーシング”...

AutoDockは、分子モデリングシミュレーションソフトウェアの一つであり、タンパク質–リガンドドッキングに利用される。2009年からオープンソース化され、非商業的利用に関しては無料である。 ここでは、AutoDockおよび改良版であるAutoDock Vinaの2つを中心に、サードパーティー製を含...

ロバート・オーマン、トーマス・シェリング 2月 - 警視庁の室井慎次管理官が逮捕される。（映画『容疑者 室井慎次』） 4月10日 - 各国共同の有人火星往還船「シグマ1」と「シグマ2」が地球近傍まで帰還。乗員を乗せた地球圏突入モジュール「ピーナッツ」が宇宙ステーション「フリーダム」とドッキングする。（書籍『2004年...

ンパク質上の凹面の同定に依存している。結合部位探索アルゴリズムの違いがドッキングシミュレーションプログラムの精度と関係している。 構造ベース医薬品設計は、分子認識の原理を応用して、新しいリガンドを設計するための基礎としてタンパク質の構造を利用しようとするものである。標的に選択的 (英語版) な高親和...

(最大数千化合物) へのスクリーニングへと移行するパラダイムシフトがある。これらのアプローチ例には、フラグメントベースリードディスカバリー（英語版） (FBDD) やタンパク質指向の動的コンビナトリアルケミストリー（英語版）が含まれる。これらのアプローチにおけるリガンド...

リガンドが受容体と結合する可能性を検討する 。 もう1つのアプローチとして、1種類の活性リガンドに対する化学的類似性を元にデータベースを検索する方法がある 。 構造に基づくバーチャルスクリーニングでは、候補となるリガンドの標的タンパク質への形状から見たはまり具合（ドッキング...

タンパク質のドッキング部位として機能する。 他の例としては、インスリン受容体へのインスリンの結合が挙げられる。血中に放出されたインスリンは、筋肉や他の組織の細胞表面の受容体に結合する。この受容体は(αβ)2型の四次構造を持つタンパク質...

計算化学や分子モデリングの分野では、スコアリング関数 (scoring functions) は、ドッキングした2つの分子の分子間における結合親和性を概算するために使用される数学的な関数である。最も一般的には、分子の1つは薬剤のような低分子有機化合物で、2つ目はタンパク質...

ングし、既知のリガンドの新しい標的を同定した。ペプチドグリカン合成は細菌に固有であるため、同定されたリガンドは、実験的アッセイにおいて広域スペクトルのグラム陰性菌阻害剤であると予想される。構造および分子ドッキングの研究により、murCおよびmurEリガーゼのリガンド候補が明らかになった。...

分子モデリングの分野では、ドッキング (docking)とは、ある分子が他の分子に対して安定した複合体 (英語版) で結合したときに、優先的な配向を予測する方法である。タンパク質ドッキングの場合、探索空間はリガンドに対するタンパク質のすべての可能な配向で構成される。加えて、柔軟なドッキングでは、リガンド...

質を調べるためにも使われる。生物物理学および構造生物学では、MD法はリガンドドッキング、脂質二重膜のシミュレーション、ホモロジーモデリング、さらにランダムコイルからポリペプチド鎖の折り畳みをシミュレーションすることによってタンパク質構造をab initioに予測するためにも頻繁に適用されている。...

タンパク質のホモロジーモデリングにおける主要な障害であり続けている。このような状況から、リガンドドッキングやタンパク質折り畳み、ホモロジーモデルの精緻化、計算によるタンパク質設計、膜中のタンパク質のモデリング専用の経験的スコアリング関数が開発されることとなった。 タンパク質向けの力場はタンパク質...

タンパク質と高いリガンド結合親和性を持つ薬剤を見つけることで、ウイルスのライフサイクルにおける重要なステップをブロックすることである。 ターゲットは2つあり、ウイルスがヒト細胞に感染するために使用される表面タンパク質と、異なる機能を実行するために形状を変更する「トランスフォーマー」タンパク質...

beta-1）は、ヒトではCTNNB1遺伝子にコードされるタンパク質である。 β-カテニンは2つの機能を持つタンパク質で、細胞接着と遺伝子転写の調節や調整に関与している。ショウジョウバエDrosophilaの相同タンパク質はArmadilloと呼ばれる。β-カテニンはカドヘリンタンパク質...

グリシンとプロリンに富むリピート配列（GPリピート） 4つの免疫グロブリン様構造（Igドメイン） - 典型的なタンパク質間相互作用領域 膜近傍セグメントには次の要素が含まれている。 リン酸化によって受容体キナーゼの活性化を阻害するセリン残基（Ser985） ユビキチンリガーゼ...

れら保存されたチロシン残基は、下流のシグナル伝達カスケードを開始するアダプタータンパク質のドッキング部位として機能する。活性化されたTrkCの下流では、PLCG1（英語版）、PI3キナーゼ、レニン-アンジオテンシン-アルドステロン系を介してシグナルが伝達され、細胞の生存、増殖、運動性が調節される。...

、ホールウェイと呼ばれる第1船体中央の複数デッキを貫く吹き抜け（全長725mの場合は第1船体中央は14デッキある）や、広大な機関部も全長が725mでないと説明できない。一方で、全長が366mでないと説明できない例としては、第1船体外縁のリム幅やドッキングハッチの大きさが挙げられる。劇場版12作目で...

プロゲステロン受容体（PR）は、リガンド依存性核内受容体ファミリーに属するタンパク質である。PRには、AとBという2つの主要なアイソフォームと、あまり一般的ではない幾つかのスプライスバリアントが同定されており、これらはすべて同じ8エクソンの遺伝子によってコードされている。他のステロイド核内受容体と同様に、完全長のタンパク質...

といえる。ラパマイシンは細胞質のFKBP12（英語版）に結合して足場分子として機能し、このタンパク質をmTORC1のFRBドメイン（FKBP12-rapamycin binding domain）にドッキングさせる。FKBP12-ラパマイシン複合体のFRBドメインへの結合はmTORC1を阻害するが...

バイオインフォマティクスにおいて、原子位置の二乗平均平方根偏差は重ね合わせたタンパク質の原子間の平均距離の尺度である。 構造に基づく医薬品設計では、RMSDはリガンドの結晶コンフォメーションとドッキング予測との間の差を示す尺度である。 経済学において、RMSDは経済モデルが経済指標に適合...

ザイゴート神属 コクーンメイデン神属 ナイトホロウ ドレッドパイク アバドン神属 シルキー 中型種 コンゴウ神属 グボロ・グボロ神属 シユウ神属 サリエル神属 ヤクシャ神属 ウコンバサラ神属 神機兵 チェルノボグ アルレッキーノ 大型種 ボルグ・カムラン神属 クアドリガ神属 ヴァジュラ神属 ウロヴォロス神属 アルダノーヴァ神属...

また、タンパク質フォールディングをコンピュータによってシミュレーションする研究では（分子動力学法）、タンパク質がどの程度折り畳まれた状態かを定量化するための反応座標としてRMSDが使用されることがある。 さらに、タンパク質などの高分子にリガンドとして結合する有機小分子に対するRMSDの研究も、ドッキング...

Trutnev (1927 - )、ロシア – ツァーリ・ボンバの共同開発者 ロジャー・Y・チエン (1952–2016)、下村脩(1928–2018)とマーティン・チャルフィー(1947 - )とともに、アメリカ – 緑色蛍光タンパク質の発見と発展 コンスタンチン・ツィオルコフスキー (1857–1935)、ロシア...

電荷測定器（CHD）、イメージングカロリメーター（IMC）、全吸収型カロリメーター（TASC）の3つの検出器で構成されており、宇宙線の入射方向や種類を調べる。 ガンマ線バーストモニター（Gamma-ray Burst Monitor:CGBM） - 硬X線観測装置（HXM）2台、軟ガン...

もとのり）は、日本の化学者。薬学博士。 タンパク二次構造予測とタンパク質構造予測法に基づく国産初のホモロジーモデリング・生体高分子モデリング・リガンド結合部位予測・ドッキングシミュレーション・バーチャルスクリーニングからなる構造ベース創薬システムの開発者。生体高分子相互作用部位・リガンド結合部位・構造ベースファーマコフォア予測法...

ン酸化する。こうして新たに形成されたリン酸化部位は、FRS2（英語版）、PRKCG（英語版）、GRB2（英語版）といった細胞質基質に位置するドッキングタンパク質を結合し、細胞内のシグナル伝達経路の活性化をもたらす。その結果、細胞分化、成長、増殖、生存、遊走、その他の機能が引き起こされる。FGFRL1...

NVIDIA. 2014年7月9日閲覧。 モンテカルロ法による分子モデリング用の一覧（英語版） 分子力学モデリング用ソフトの比較 分子設計ソフト（英語版） 構造式エディタ GPUを用いた分子モデリング ナノ構造モデリング用ソフトの一覧（英語版） 物性物理における計算化学的手法（英語版） 原子価結合法プログラム（英語版）...

表 話 編 歴 計算化学ソフトウェア ケモインフォマティクス 化学反応速度論 分子モデリングおよび可視化 分子グラフィックスシステムの一覧 分子ドッキング タンパク質-リガンドドッキングソフトウェアの一覧 分子動力学 量子化学 量子化学および固体物理計算ソフトの一覧 構造式エディタ その他 Aqion...