GPUを用いた分子モデリング（GPUをもちいたぶんしモデリング、molecular modeling on GPU）は、グラフィックス・プロセッシング・ユニット（GPU）を用いて分子シミュレーションを行う技術である。 2007年、NVIDIA社は、グラフィックスを...
11 KB (1,061 words) - 13:46, 15 September 2022
量子化学および固体物理計算ソフトの一覧 (category 日本語版記事がリダイレクトの仮リンクを含む記事)
“NVIDIA GPU Applications”. NVIDIA. 2014年7月9日閲覧。 モンテカルロ法による分子モデリング用の一覧（英語版） 分子力学モデリング用ソフトの比較 分子設計ソフト（英語版） 構造式エディタ GPUを用いた分子モデリング ナノ構造モデリング用ソフトの一覧（英語版）...
30 KB (736 words) - 14:09, 8 March 2025
分子可視化ソフトの一覧（英語版） タンパク質の構造予測ソフトの一覧（英語版） 量子化学および固体物理計算ソフトの一覧 モンテカルロ法による分子モデリング用ソフトの一覧（英語版） ナノ構造モデリング用ソフトの一覧（英語版） 分子設計ソフト（英語版） 分子力学 分子動力学 GPUを用いた分子モデリング...
12 KB (293 words) - 04:09, 27 May 2021
Folding@home (redirect from フォールディング・ホーム)
このプロジェクトは、分散コンピューティングや科学研究を行うために、グラフィックス処理装置（GPU）、中央処理装置（CPU）、Raspberry PiのようなARMプロセッサを利用する。このプロジェクトでは、従来のコンピューティング手法からパラダイムシフトした統計的シミュレーション手法を採用している。クライアント・サーバモデ...
88 KB (12,604 words) - 00:07, 11 May 2025
3DCGソフトウェア (category 日本語版記事がリダイレクトの仮リンクを含む記事)
ングやBDPT+MLTに対応している。モーションブラーにも対応している。4でスペクトラルレンダリングやGPUレンダリングに対応した。 GPU未搭載のスーパーコンピュータで算出したデータの可視化は、昔は別途レンダリング用コンピュータ・クラスタを用意して行っていた...
812 KB (80,741 words) - 19:24, 7 July 2025
AutoDock (category 分子モデリングソフトウェア)
AutoDockは、分子モデリングシミュレーションソフトウェアの一つであり、タンパク質–リガンドドッキングに利用される。2009年からオープンソース化され、非商業的利用に関しては無料である。 ここでは、AutoDockおよび改良版であるAutoDock Vinaの2つを中心に、サードパーティー製を含めた...
19 KB (2,271 words) - 10:04, 16 February 2025
Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (category 分散コンピューティングプロジェクト)
モンテカルロ法を用いて量子化学方程式を解く。 Spinhenge@home（英語版） 分子磁石およびナノスケールの磁気現象を研究。 Docking@Home タンパク質のリガンドを探索、および探索方法そのものの新規開拓。 GPUGRID CUDA対応のGPUやLinuxを導入したプレイステーション3を用いて分子動力学に基づくシミュレーションを行う。...
46 KB (5,644 words) - 14:22, 28 December 2024
タンパク質ミスフォールディング周期的増幅（英語版） (PMCA法) タンパク質構造予測ソフトウェア（英語版） プロテオパチー Rosetta@home 分子力学モデリング用ソフトの比較 統計的ポテンシャル（英語版） 時間分解質量分析法（英語版） FoldIt - Folding Protein Game Folding@Home...
77 KB (10,072 words) - 13:26, 22 June 2025
OpenMM (category 分子モデリングソフトウェア)
OpenMMは、分子動力学シミュレーションのためのオープンソースのライブラリであり、パンデ研究室によって管理されている。Python、C++、Fortranなどの言語に対応しており、GPUで高速化する機能を持っている。また、AMOEBA、GROMACS、AMBERなどの他の分子...
5 KB (444 words) - 09:08, 21 February 2025
World Community Grid (category 日本語版記事がリダイレクトの仮リンクを含む記事)
を見つけることである。 研究者たちは、分子力学と電子構造計算を用いて、次世代の太陽電池材料となりうる分子の光学特性と輸送特性を予測している。 フェーズ1は2008年12月5日に開始され、2009年10月13日に完了した。ワールド・コミュニティ・グリッドのコンピューティング能力を...
71 KB (9,041 words) - 08:44, 7 April 2024
Rosetta@home (category 分子モデリング)
すのか）を理解するために、ほぼ独占的に全原子分子動力学モデルを使用している。言い換えれば、Folding@homeの強みはタンパク質の折り畳み過程のモデリングであり、Rosetta@homeの強みはタンパク質の設計を計算し、タンパク質の構造とドッキングを予測することである。...
82 KB (10,205 words) - 12:36, 13 October 2024
人間の運動機能を実現する知的制御系の設計と、人間のパターン認識能力を実現する知的パターン認識システムの設計と応用に関する研究を行っている。 並列分散処理研究グループ マルチコアCPUやGPUを用いた並列プログラミングによる計算の高速化と、アドホックネットワーク環境での分散アルゴリズムを研究している。 社会情報学研究グループ...
47 KB (6,386 words) - 16:37, 30 May 2025
Mathematica (category 日本語版記事がリダイレクトの仮リンクを含む記事)
用スライドショーの作成 システムインタフェースと配備 C、Java、.NET、R、SQL、HTML、XMLなど各言語との接続・連携 CUDA、OpenCLによるGPUコンピューティングと並列計算 システムとしてのMathematicaは、ユーザーとの対話を行う「フロントエンド」と、演算を...
65 KB (6,057 words) - 15:42, 12 April 2025
Folding@homeコアのリスト (category 分子モデリングソフトウェア)
これらは第3世代のGPUコアで、パンデGroupが独自に開発した分子シミュレーション用のオープンライブラリであるOpenMMをベースにしている。GPU2のコードをベースにしているが、安定性と新機能が追加されている。 core 22 OpenCLおよびCUDAを使用したAMDとNVIDIA GPU用...
30 KB (3,743 words) - 23:23, 14 February 2025
AlphaFold (category 日本語版記事がリダイレクトの仮リンクを含む記事)
を利用しており、AIアルゴリズムに大きな問題の一部を解かせ、それを部品にして全体的な解決策を得ることに焦点を当てた深層学習手法である。全体的なトレーニングは、100～200 GPUの処理能力で行われた。このハードウェア上でシステムを...
48 KB (5,313 words) - 04:56, 11 May 2025