Type | Château | Commune | Protection | Notes | Coordonnées | Illustration |
| Château d'Amondans | Amondans | | XVIe siècle | 47° 04′ 06″ N, 6° 02′ 20″ E | |
| Château d'Arc | Arc-et-Senans | Inscrit MH (1984) Notice no PA00101438 | XVIIIe siècle | 47° 01′ 50″ N, 5° 46′ 07″ E | |
| Château des Archevêques | Étalans | Inscrit MH (1983) Notice no PA00101641 | XIIIe siècle | 47° 08′ 41″ N, 6° 16′ 47″ E | |
| Château d'Arguel | Fontain | | XIe siècle | 47° 12′ 00″ N, 6° 00′ 05″ E | |
| Château d'Aubonne | Aubonne | Inscrit MH (1979) Notice no PA00101441 | XVIIIe et XIXe siècles | 47° 02′ 06″ N, 6° 19′ 42″ E | |
| Château d'Audincourt | Audincourt | Inscrit MH (1984) Notice no PA00101442 | XVIIIe siècle | 47° 28′ 50″ N, 6° 50′ 15″ E | |
| Château d'Augicourt | Liesle | Inscrit MH (2018) Notice no PA25000089 | | 47° 03′ 42″ N, 5° 49′ 11″ E | |
| Château de Bartherans | Bartherans | Inscrit MH (1992) Classé MH (1993) Notice no PA00101791 | XVIIe et XVIIIe siècles | 47° 02′ 28″ N, 5° 55′ 39″ E | |
| Château de Beaupré | Roche-lez-Beaupré | - | | 47° 16′ 51″ N, 6° 05′ 27″ E | |
| Château de Belvoir | Belvoir | Inscrit MH (1956) Notice no PA00101450 Site classé (1992) | XIIe et XIIIe siècles, XVIIe siècle | 47° 19′ 03″ N, 6° 36′ 10″ E | |
| Citadelle de Besançon | Besançon | Site classé (1924) Classé MH (1942, 1994) Patrimoine mondial (2008) UNESCO | XVIIe siècle, Fortifications de Vauban | 47° 13′ 53″ N, 6° 01′ 57″ E | |
| Château de Bonnay | Bonnay | Inscrit MH (1994) Notice no PA00101617 | Moyen Âge, XVIIIe et XIXe siècles, jardin à l'anglaise | 47° 20′ 08″ N, 6° 03′ 03″ E | |
| Château de Bonnevaux | Bonnevaux | Notice no IA00014129 | | 46° 48′ 37″ N, 6° 11′ 10″ E | |
| Château de Bouclans | Bouclans | | XIIIe siècle | 47° 15′ 00″ N, 6° 14′ 16″ E | |
| Château de Bournel | Cubry | Classé MH (1989) Inscrit MH (1989) Notice no PA00101635 Notice no IA25000351 Notice no IA25000352 | XVIIIe et XIXe siècles | 47° 29′ 19″ N, 6° 24′ 59″ E | |
| Château de Buillon | Chenecey-Buillon | Notice no IA25000352 | XIXe siècle | 47° 06′ 29″ N, 5° 57′ 40″ E | |
| Château de Burgille | Burgille | | XVIe et XVIIe siècles, XVIIIe et XXe siècles | 47° 16′ 02″ N, 5° 46′ 35″ E | |
| Château de Chalamont | Villers-sous-Chalamont | | | | |
| Château de Charencey | Chenecey-Buillon | Inscrit MH (1991) Notice no PA00101777 | | 47° 08′ 52″ N, 5° 57′ 25″ E | |
| Château de Châteauneuf | Vuillafans | Notice no IA00014813 | XIe et XIIIe siècles | 47° 04′ 01″ N, 6° 13′ 25″ E | |
| Château de Châteauvieux | Châteauvieux-les-Fossés | Notice no IA00014495 | | 47° 03′ 50″ N, 6° 12′ 06″ E | |
| Château de Châtillon-sur-Lison | Cussey-sur-Lison | Inscrit MH (2002) Notice no PA25000030 | | 47° 03′ 49″ N, 5° 59′ 04″ E | |
| Château de Chazoy | Burgille | | | 47° 16′ 04″ N, 5° 47′ 14″ E | |
| Château de Chevigney-sur-l'Ognon | Chevigney-sur-l'Ognon | Inscrit MH (1994) Notice no PA00132845 Notice no IA25000353 | | 47° 17′ 56″ N, 5° 50′ 20″ E | |
| Château de Chevroz | Chevroz | Inscrit MH (1988) Notice no PA00101626 | | 47° 20′ 07″ N, 5° 59′ 49″ E | |
| Château de Cléron | Cléron | Inscrit MH (1988) Notice no PA00101627 Notice no IA25000354 | | 47° 05′ 16″ N, 6° 03′ 27″ E | |
| Château de Cordiron | Burgille | Inscrit MH (1979) Notice no PA00101620 | | 47° 15′ 58″ N, 5° 47′ 58″ E | |
| Château de Corcondray | Corcondray | Inscrit MH (1932) Notice no PA00101632 Notice no IA25000297 | | 47° 13′ 53″ N, 5° 49′ 36″ E | |
| Château du Désert | Maîche | | | 47° 15′ 01″ N, 6° 47′ 47″ E | |
| Château de Durnes | Durnes | | | 47° 06′ 19″ N, 6° 13′ 39″ E | |
| Château d'École | École-Valentin | Inscrit MH (1980) Notice no PA00101640 | | 47° 16′ 13″ N, 5° 58′ 52″ E | |
| Château de l'Ermitage | Mancenans-Lizerne | | | 47° 15′ 57″ N, 6° 46′ 09″ E | |
| Château d'Esnans | Esnans | | | 47° 20′ 21″ N, 6° 19′ 31″ E | |
| Château d'Étrabonne | Étrabonne | Inscrit MH (1968) Notice no PA00101642 | | 47° 14′ 03″ N, 5° 44′ 35″ E | |
| Château de Fertans | Fertans | Inscrit MH (1979) Notice no PA00101436 | | 47° 03′ 04″ N, 6° 03′ 48″ E | |
| Château de Fourg | Fourg | Inscrit MH (1998) Notice no PA25000012 | | 47° 05′ 51″ N, 5° 48′ 46″ E | |
| Château de Franois | Franois | Inscrit MH (2002) Notice no PA25000031 | Demeure attestée au 17e siècle, avec pigeonnier et puits à l'angle du jardin clos. | 47° 14′ 05″ N, 5° 55′ 29″ E | |
| Château de Gondenans-les-Moulins | Gondenans-les-Moulins | | | 47° 28′ 09″ N, 6° 22′ 53″ E | |
| Château de Gonsans | Gonsans | | | 47° 13′ 53″ N, 6° 17′ 55″ E | |
| Château de Goux les Usiers | Goux-les-Usiers | | | | |
| Château de Jallerange | Jallerange | Inscrit MH (2014) Notice no PA00101656 Notice no IA25000355 | | 47° 15′ 12″ N, 5° 43′ 03″ E | |
| Château de Jouffroy-d'Abbans | Abbans-Dessus | Inscrit MH (1992) Classé MH (1993) Notice no PA00101435 | | 47° 07′ 20″ N, 5° 52′ 55″ E | |
| Château de Joux | La Cluse-et-Mijoux | Classé MH (1996) Notice no PA00101629 Notice no IA00014271 | | 46° 52′ 21″ N, 6° 22′ 27″ E | |
| Château de la Juive | Chalezeule | Inscrit MH (2002) Notice no PA25000029 | | 47° 14′ 55″ N, 6° 03′ 44″ E | |
| Château de Lantenne | Lantenne-Vertière | | | 47° 13′ 58″ N, 5° 46′ 56″ E | |
| Château de Lods | Lods | Inscrit MH (2003) Notice no PA25000036 | | 47° 02′ 38″ N, 6° 15′ 03″ E | |
| Château de Maillot | Levier (Doubs) | Notice no IA00014084 | | 46° 59′ 12″ N, 6° 08′ 14″ E | |
| Château de Mérode | Maîche | | | 47° 15′ 20″ N, 6° 47′ 22″ E | |
| Château Mirabeau | Nans-sous-Sainte-Anne | | | 46° 58′ 38″ N, 6° 00′ 07″ E | |
| Château de Miserey | Miserey-Salines | Inscrit MH (1994) Notice no PA00132846 | | 47° 17′ 12″ N, 5° 58′ 13″ E | |
| Château du maréchal Moncey | Moncey | Inscrit MH (1990) Notice no PA00101769 | | 47° 21′ 46″ N, 6° 07′ 11″ E | |
| Château de Moncley | Émagny / Moncley | Classé MH (2005) Inscrit MH (2005) Notice no PA25000051 Notice no PA00101672 Notice no IA25000333 | XVIIIe et XIXe siècles | 47° 18′ 41″ N, 5° 53′ 17″ E | |
| Château de Montalembert | Maîche | Inscrit MH (1950) Notice no PA00101664 Notice no IA25000356 | | 47° 15′ 08″ N, 6° 47′ 56″ E | |
| Château de Montbéliard | Montbéliard | Classé MH (1996) Notice no PA00101673 Notice no IA00048680 Notice no IA00048812 Notice no M0337 | | 47° 30′ 33″ N, 6° 48′ 01″ E | |
| Château de Montby | Gondenans-Montby | Inscrit MH (2009) Notice no PA25000067 | | 47° 26′ 19″ N, 6° 26′ 35″ E | |
| Château de Montfaucon | Montfaucon | Inscrit MH (1976) Notice no PA00101686 | | 47° 10′ 29″ N, 6° 04′ 42″ E | |
| Château de Montferrand | Montferrand-le-Château | Inscrit MH (1926) Notice no PA00101687 | | 47° 10′ 29″ N, 5° 55′ 28″ E | |
| Château de Montgesoye | Montgesoye | Notice no IA00014608 | | 47° 04′ 54″ N, 6° 11′ 36″ E | |
| Château de Montjoie-le-Château | Montjoie-le-Château | Inscrit MH (1985) Notice no PA00101688 | | 47° 21′ 04″ N, 6° 54′ 03″ E | |
| Château de Montmartin | Huanne-Montmartin | | | 47° 25′ 49″ N, 6° 20′ 18″ E | |
| Château de Montrond | Montrond-le-Château | | | 47° 08′ 37″ N, 6° 03′ 16″ E | |
| Château Morand Val | Montbenoît | Notice no IA00013965 | | 46° 59′ 25″ N, 6° 27′ 29″ E | |
| Château de Noironte | Noironte | Inscrit MH (1992) Classé MH (1993) Notice no PA00101798 Notice no IA25000339 | | 47° 16′ 23″ N, 5° 52′ 31″ E | |
| Château de Novillars | Novillars | | | 47° 17′ 15″ N, 6° 07′ 55″ E | |
| Château d'Ollans | Ollans | Inscrit MH (1988) Notice no PA00101696 Notice no IA25000359 | | 47° 25′ 08″ N, 6° 14′ 33″ E | |
| Château d'Ornans | Ornans | Notice no IA00014679 | | 47° 06′ 45″ N, 6° 08′ 33″ E | |
| Château de Paroy | Paroy | Inscrit MH (2004) Notice no PA25000043 Notice no IA25000340 | | 47° 02′ 30″ N, 5° 52′ 58″ E | |
| Château Pertusier | Morteau | Inscrit MH (1926) Classé MH (1993) Notice no PA00101690 Notice no IA00013903 | | 47° 03′ 15″ N, 6° 36′ 03″ E | |
| Château de Puy de Montenot | Arc-sous-Montenot | | | 46° 54′ 52″ N, 5° 59′ 20″ E | |
| Château de Quingey | Quingey | Inscrit MH (1991) Notice no PA00101782 | | 47° 06′ 09″ N, 5° 52′ 59″ E | |
| Château de Réaumont | Le Bélieu | | Moyen Âge, Infos | 47° 07′ 12″ N, 6° 38′ 41″ E | |
| Château de Recologne | Recologne | Inscrit MH (1979) Notice no PA00101715 | | 47° 16′ 30″ N, 5° 49′ 48″ E | |
| Château de Refranche | Éternoz | | | 47° 02′ 09″ N, 6° 00′ 12″ E | |
| Château de Rennes-sur-Loue | Rennes-sur-Loue | Inscrit MH (2000) Notice no PA25000019 Notice no IA25000341 | | 47° 00′ 49″ N, 5° 51′ 11″ E | |
| Château de La Roche | Rigney | Inscrit MH (1998) Notice no PA00101717 | | 47° 24′ 04″ N, 6° 11′ 31″ E | |
| Château de Roche-sur-Loue (Château de Roche) | Arc-et-Senans | Inscrit MH (1974) Notice no PA00101439 | | 47° 02′ 32″ N, 5° 47′ 47″ E | |
| Château de Rochejean | Rochejean | | | | |
| Château de Roset-Fluans | Roset-Fluans | Inscrit MH (2016) Notice no PA25000088 | | 47° 09′ 53″ N, 5° 49′ 31″ E | |
| Château de Roulans | Roulans | Inscrit MH (1995) Notice no PA00101719 | | 47° 18′ 40″ N, 6° 14′ 42″ E | |
| Château de Ruffey-le-Château | Ruffey-le-Château | | | 47° 17′ 19″ N, 5° 48′ 07″ E | |
| Château de Sainte-Anne | Sainte-Anne | | | 46° 57′ 53″ N, 5° 59′ 54″ E | |
| Château de Sandon (Demeure de Sandon) | Pontarlier | Inscrit MH (2003) Notice no PA25000037 | | 46° 53′ 21″ N, 6° 21′ 48″ E | |
| Château Sattler | Exincourt | Inscrit MH (1984) Notice no PA00101643 Notice no IA00055301 | | 47° 30′ 12″ N, 6° 50′ 28″ E | |
| Château nord de Sauvagney | Sauvagney | | | 47° 19′ 30″ N, 5° 54′ 12″ E | |
| Château sud de Sauvagney | Sauvagney | | | 47° 19′ 16″ N, 5° 54′ 19″ E | |
| Château de Scey | Chassagne-Saint-Denis | Classé MH (1987) Notice no PA00101623 Notice no IA25000177 | | 47° 05′ 44″ N, 6° 04′ 56″ E | |
| Château de Soye | Soye | Inscrit MH (1991) Notice no PA00101783 | | 47° 26′ 32″ N, 6° 29′ 49″ E | |
| Château de Thoraise | Thoraise | | | 47° 10′ 25″ N, 5° 54′ 20″ E | |
| Château de Torpes | Torpes | Classé MH (1993) Inscrit MH (1992) Notice no PA00101730 Notice no IA25000360 | | 47° 10′ 13″ N, 5° 53′ 34″ E | |
| Château d'Usier (Château de Sombacour) | Sombacour | | | 46° 57′ 05″ N, 6° 15′ 28″ E | |
| Château d'Uzel | Pelousey | | | 47° 16′ 44″ N, 5° 54′ 36″ E | |
| Château de Vaire-le-Grand | Vaire (Vaire-Arcier) | Classé MH (2011, 2012) Inscrit MH (2012) Notice no PA00101731 Notice no IA39000853 | | 47° 17′ 01″ N, 6° 09′ 01″ E | |
| Château de Vaite | Champlive | | | 47° 17′ 37″ N, 6° 14′ 14″ E | |
| Château de Vieilley | Vieilley | | | 47° 20′ 15″ N, 6° 04′ 37″ E | |
| Château de Villers-sous-Montrond | Villers-sous-Montrond | Notice no IA00014764 | XVIIe siècle | 47° 08′ 43″ N, 6° 05′ 25″ E | |
| Château de Vuillafans | Vuillafans | | XVe siècle | 47° 03′ 58″ N, 6° 12′ 54″ E | |