MegaMan NT Warrior

Il giovane e coraggioso Lan Hikari riceve un aggiornamento da parte di suo padre per il livello standard del suo Net-Navi, trasformandolo nel potente MegaMan. Nel frattempo TorchMan, un Net-Navi malvagio che lavora per il sindacato criminale Mondo Tre, sta provocando corto circuiti in tutti i forni elettrici della città, intrappolando Maylu, l'amica del cuore di Lan, in un pericoloso incendio.

Il Conte Zap della Mondo Tre usa il suo Net-Navi chiamato ElecMan per inviare potenti onde elettromagnetiche attraverso la rete elettrica, facendo andare in tilt tutti i dispositivi elettronici di Dentech City. Nel frattempo, Lan e Maylu stanno inseguendo un cane robot che ha rubato la borsetta alla signora Mari su un treno della metropolitana, quando ElecMan manda in crash i controlli del treno. Lan invia MegaMan nella rete per scoprire chi sta provocando il guasto.

La ricca e viziata Yai Ayano arriva nella scuola di Lan come nuova studentessa. Nel frattempo, Maddy della Mondo Tre usa il suo Net-Navi WackoMan per causare spaventosi ingorghi stradali in tutta Dentech City, danneggiando i semafori con un esercito di virus. Quando Yai si ritrova intrappolata nel traffico e in una situazione disperata (deve assolutamente andare in bagno!) utilizza il suo Net-Navi denominato Glide, per cercare di risolvere il problema.

Il signor Higsby è un collezionista di Battle Chips molto rari che usa in battaglia per potenziare il suo Net-Navi chiamato NumberMan per rubare altri chips. Quando è invitato nella scuola di Lan per tenere una lezione, intrappola Yai e gli altri in una delle classi, compromettendo il sistema di sicurezza dell'edificio e minacciando di eliminare Glide se Yai non gli consegnarà i suoi Battle Chips rari. Lan, che è fuori dalla stanza, lavora contemporaneamente a MegaMan per scoprire le password necessarie a sbloccare il codice di sicurezza della scuola e salvare i loro amici.

Il Conte Zap, Maddy e Mr. Match della Mondo Tre uniscono le forze per inviare virus all'acquario dei pesci robot, causando lo scatenarsi di un'invasione di androidi ittici attraverso tutta Dentech City. Quando i pesci robot attaccano Lan, Maysa e gli altri, i nostri eroi devono riuscire a raggiungere l'acquario per eliminare i virus alla base di questo pasticcio.

Maddy rapisce un dipendente della Water Works Factory, per poi costringere suo figlio, Tory Froid, ad utilizzare il suo Net-Navi IceMan per congelare tutta l'acqua in modo da poter inquinare tutto l'approvvigionamento idrico di Dentech City. Fortunatamente, Lan e i suoi amici vengono coinvolti e grazie a MegaMan e agli altri loro Net-Navi riescono a mettere fine a questo disastro.

Il padre di Yai, il presidente della AyanoTech, promette di lasciar giocare lei e i suoi amici in anteprima ad un nuovo videogioco, appena questo verrà rilasciato a mezzanotte. Mentre Lan e i ragazzi, con pazienza, restano svegli per poter iniziare giocare, il conte Zap prevede di rubare i dati del gioco utilizzando ElecMan.

Mr. Match vuole assolutamente una rivincita con Lan, così TorchMan si propone di trovare MegaMan creando caos in città facendo andare a fuoco e surriscaldando gli apparecchi elettronici. Il malvagio Net-Navi fiammeggiante incontra Roll, che attualmente sta discutendo con MegaMan (così come Maylu con Lan). Per dimostrare il suo valore a MegaMan, Roll accetta l'invito per scontrarsi con TorchMan in battaglia.

Yahoot della Mondo Tre usa il suo Net-Navi, MagicMan, per ipnotizzare tutti gli abitanti di Dentech City durante la sua trasmissione televisiva sugli esercizi Yoga, inducendo tutti a credere di essere degli animali selvatici (secondo le posizioni dello Yoga ispirate alle bestie). Lan e Maylu non sono interessati al programma e non seguono la trasmissione, restando così liberi dal controllo ipnotico di MagicMan, e si dirigono alla finta stazione televisiva per fermare il diabolico piano di Yahoot. Durante la battaglia in rete contro MagicMan, MegaMan viene aiutato da ProtoMan, il potente Net-Navi di un ragazzo chiamato Chaud Blaze che parteciperà al campionato cittadino del Gran Premio Net-Battle.

Il Gran Premio Net-Battle sta per iniziare, quando un errore nell'aggiornamento di NumberMan fa perdere il controllo al signor Higsby, così Lan e i suoi amici devono trovare un modo per fermarlo. Improvvisamente un misterioso Net-Navi chiamato SkullMan aiuta MegaMan, Roll e gli altri a fermare l'impazzito NumberMan, ma nessuno sa a chi appartenga, né da dove provenga. Il torneo poi ha inizio con Dex e il suo GutsMan che riescono ad aggiudicarsi la vittoria nella prima partita. Anche i sicari della Mondo Tre partecipano al Gran Premio con l'intenzione di eliminare tutti gli altri Net-Navi e prendere così il controllo della città.

La prima battaglia di Lan nel torneo è contro Miyu, una ragazza sensitiva che predice che Lan perderà subito contro di lei. Dal momento che le sue predizioni si sono sempre avverate in passato, Lan è molto nervoso, soprattutto quando scopre che il Net-Navi di Miyu è proprio Skullman; riuscirà MegaMan a battere la sua sorprendente agilità?

Il primo incontro di Maylu al torneo dei Net-Navi è contro Maddy della Mondo Tre, con cui ha una forte rivalità. Nel frattempo Lan sta affrontando il suo secondo avversario, Mr. Match, e la rivincita fra i due può finalmente avere inizio. Grazie all'aiuto di Yai, Maylu e Roll sono in grado di vincere il loro match contro Maddy e WackoMan, e tutti si precipitano a vedere l'incontro di Lan.

Mr. Match infetta la rete dello stadio dove si sta svolgendo il Gran Premio Net-Battle con dei virus che causano il riscaldamento di tutta l'area come una sauna. Yai, Dex e Tory usano i loro Net-Navi per eliminare i virus prima che Lan soccomba al calore e perda il suo incontro. Fortunatamente interviene in loro auto anche SharkMan, mentre TorchMan viene battuto grazie all'energia solare.

Conclusa la prima settimana del Gran Premio Net-Battle, Yai porta tutti fuori a mangiare in un ristorante di lusso; nel locale però incontrano Chaud Blaze, che sfida Lan a combattere per le strade con i loro Net-Navi. Durante il combattimento tra MegaMan e ProtoMan, potenti virus inviati dalla Mondo Tre creano il caos in città. Per riuscire a fermarli, Lan usa un Battle-Chip Spada Larga inviatogli da suo padre ed involontariamente genera un Programma Avanzato di battaglia, di cui però non riesce a controllarne l'enorme flusso energetico.

Lan decide di perfezionare il Programma Avanzato e si allena con MegaMan prima della sua prossima partita del Gran Premio contro Yahoot e MagicMan. Miyu assiste alle sue prove e confida al ragazzo la giusta tecnica per eseguire correttamente il Programma Avanzato. Lan è in grado di eseguire la tecnica e sconfiggere MagicMan in battaglia, ma ben presto scopre che Chaud conosce anch'egli la tecnica avanzata, riuscendo ad eseguirla molto meglio di lui; ProtoMan riesce infatti a battere facilmente ElecMan e il Conte Zap.

Tory e Maylu disputano l'ultima battaglia singola del Gran Premio N.1 prima che inizino le partite in coppia delle semifinali. Tuttavia, Lan ritiene che il duo di misteriosi Net-Navi conosciuti come BlasterMan e StoneMan, che stanno per affrontarsi contro GutsMan e WoodMan (i Net-Navi di Dex e Sal), siano dei buoni a nulla. Durante l'incontro si scopre però che i due stanno lavorando per la Mondo Tre e sono dei Net-Navi del tutto indipendenti, nel senso che non necessitano di un operatore umano per poter funzionare.

Lan deve gareggiare nelle semifinali del torneo in coppia con il suo eroe, il Comandante Beef, in una battaglia contro BlasterMan e StoneMan. Il duo di Net-Navi solitari al servizio della Mondo Tre è intenzionato a cancellare per sempre MegaMan, intrappolando lui e SharkMan nella rete del faro per eliminarli più facilmente senza che i loro Net-Operatori possano intervenire con i Battle-Chip per potenziarli. Lan e Beef si precipitano al faro per cercare di salvare i loro Net- Navi prima che scadano i dieci minuti di tempo consentiti dal regolamento del Gran Premio per l'abbandono del campo di gioco. Intanto Lan inizia a sospettare che dietro il casco del Comandante Beef si celi in realtà il suo amico pescivendolo Maysa.

Lan e Maylu fanno squadra nel secondo incontro delle semifinali del Gran Premio contro i ripescati Mr. Match e Maddy, ma la Mondo Tre ha intenzione di sabotare la partita. Travestito da Higsby, Yahoot dà a Maylu il chip "Super Fantastico Angelo Bianco". Tuttavia, una volta inserito, Roll viene infettata dall'energia oscura e si rivolta contro il suo compagno MegaMan, trasformandosi nell'Imperatrice del Male. Adesso è il Conte Zapp ha controllare il Net-Navi e Maylu non può fare nulla per disconnettere Roll prima che distrugga MegaMan.

Roll è su tutte le furie, non risponde più ai comandi di Maylu e riesce a battere MegaMan riducendolo in poltiglia. Mentre Yai, Dex e Tory scoprono l'inganno perpetrato da Yahoot e dal Conte Zap ai danni di Roll, Higsby si libera e, prima che sia troppo tardi, informa Maylu che il chip "Diavolo" che Yahoot le ha dato verrà espulso dal suo Pet se si inserisce un chip "Tornado". Roll torna alla normalità e aiuta MegaMan a battere WackoMan e TorchMan, ma è troppo danneggiata per continuare a gareggiare nel torneo.

Lan e Chaud dovranno combattere in coppia contro BlasterMan e StoneMan nell'ultimo incontro di semifinale del Gran Premio. Prima della battaglia, Chaud deve però recarsi a firmare un contratto per l'azienda di suo padre in un ristorante sottomarino. Mentre sta lasciando il ristorante per tornare in tempo allo stadio prima dell'incontro, Yai decide di seguirlo; tuttavia, i due restano intrappolati insieme nell'ascensore. Yai e Chaud devono così riuscire a superare le loro divergenze per uscire prima che inizi la semifinale.

Durante la semifinale del torneo Chaud insiste per combattere da solo contro BlasterMan e StoneMan. BlasterMan viene facilmente cancellato da ProtoMan, ma StoneMan ha un nucleo di rigenerazione che lo rende difficile da eliminare dal campo di battaglia. ProtoMan non può usare il programma avanzato quando Chaud si rende conto che ha perso i chip necessari per l'avanzamento del programma nel vano dell'ascensore con Yai; a questo punto l'unica speranza di battere il Net-Navi solitario della Mondo Tre è MegaMan.

La finale del Gran Premio N.1 si svolge tra Lan e Chaud. Durante la battaglia, una forza sconosciuta provoca la distruzione dello stadio del torneo che inizia ad affondare nell'oceano. Mentre tutti gli spettatori e gli organizzatori e i partecipanti fuggono, Lan e Chaud rimangono indietro per terminare la loro partita. Alla fine ProtoMan viene dichiarato vincitore, ma un Net-Navi solitario appare ed attacca improvvisamente, provocando la cancellazione e morte di MegaMan.

Il Net-Navi supremo PharaohMan si è risvegliato ed ha attivato il suo piano per conquistare il mondo. Nel frattempo, Lan è devastato dalla perdita e morte di MegaMan, ma ci può essere ancora una speranza di recuperarlo dalla rete: parte dei dati di MegaMan sono infatti conservati nei PET dei suoi amici, e il padre di Lan torna a casa giusto in tempo per aiutare la rinascita MegaMan.

Al fine di far rivivere MegaMan, la sua struttura di back-up deve essere recuperata dalla rete dello Sci-Lab. Tuttavia, PharaohMan ha preso il controllo di tutta la rete e l'ha trasformata in un deserto. Il padre di Lan ha un piano per recuperare la struttura di MegaMan, ma occorre che i Net-Navi degli amici di Lan si introducano nello Sci-Lab; PharaohMan interviene e costringe tutti alla fuga. Purtroppo, GutsMan fa una brutta fine mentre cerca di trarre in salvo Roll.

PharaohMan invia un satellite verso Dentech City, e nessuno sembra essere in grado di fermarlo. Tuttavia, all'ultimo momento, MegaMan si rigenera e messo vivo, assistito da ProtoMan riesce a sconfiggere PharaohMan grazie ad un doppio programma avanzato, riprendendo così il controllo della rete. Utilizzando poi una nuova abilità chiamata Style Change, MegaMan si trasforma e riesce a fermare Stoneman e BlasterMan prima che prendano ciò che resta di PharaohMan e lo consegnino nelle mani di Mister While, il capo della Mondo Tre.

Per il secondo posto nel torneo dei Net-Navi, Lan vince un viaggio intorno al mondo. Inizia nelle isole tropicali Jawaiian, e i suoi amici lo seguono per divertirsi al sole. Tuttavia, appare una nave fantasma, che cattura Maysa e Tory. Lan ed i restanti amici si infiltrano nella barca per salvare Maysa e Tory.

Le ragazze partecipano a un concorso per essere proprio come Aki, una cantante pop virtuale. Tuttavia, i partecipanti al concorso scompaiono, quindi Lan, Dex e Tory si travestono da Aki per intrufolarsi al concorso ed indagare sulla situazione. Scoprono che un virus ha infettato Aki causando il caos, quindi MegaMan, GutsMan e Iceman si uniscono per salvare l'idolo delle ragazze.

Come premio per essersi qualificato al secondo posto nel torneo dei Net-Navi, Lan vince un viaggio nella città di Netopia ma, non appena arriva, il suo PET viene rubato. Dopo aver inseguito i piccoli ladruncoli, Lan fa amicizia con un ragazzo di nome Raoul, capo della banda di teppisti che scorazzano per le strade della città, e lo sfida a combattere con il suo Net-Navi ThunderMan. Nel frattempo il sindaco di Netopia ha intenzione di demolire tutti gli edifici del centro cittadino per scovare Raoul e la sua banda. Intanto Mr. Match arriva alle isole tropicali Jawaii dove crede si trovi Lan, per avere un rematch con lui, ma vi trova solo Maylu e gli altri ragazzi che si stanno godendo le ferie.

In visita a Brand City, seconda tappa del viaggio premio vinto al torneo, Lan vede una borsa che gli piacerebbe comprare per sua madre, ma è troppo costosa. Venuto a conoscenza di un gioco Net-Battle sotterraneo dove si può vincere molto denaro, decide di parteciparvi, ma è solo una trappola tesa dalla Sg. Millionaire per catturare MegaMan ed includerlo nel suo museo personale. Mentre Lan e MegaMan affrontano le battaglie del Survival Seven di SnakeMan, arriva anche Chaud. Nel frattempo, Mr. Match giunge a Netopia per sfidare Lan, ma è troppo tardi.

L'autobus su cui sta viaggiando Lan per raggiungere la città di Kingland, prossima destinazione del suo viaggio premio, ha un guasto improvviso; mentre l'autobus è fermo, Lan visita una casa nelle vicinanze. In realtà è la casa del Conte Zap, convinto da sua madre, mamma Zap, a vendicarsi di Lan per aver distrutto la Mondo Tre. Il Conte Zap intrappola MegaMan in un Net-Battle contro ElecMan, dove però anche Lan viene ferito ogni volta che è colpito da scariche elettriche.

Ultima tappa del viaggio premio di Lan è la città di Namesty, dove si possono assaggiare tutti i diversi tipi di curry, il suo cibo preferito. Intanto, proprio a Namesty, si sono riuniti gli ex membri della Mondo Tre: Maddy, il Conte Zap, Mr. Match e Yahoot, per intrappolare Lan e riuscire a prendersi la loro rivincita contro MegaMan, ma Yai e gli altri amici di Lan arrivano a sorpresa per aiutarlo.

Tornato finalmente a casa dopo il suo viaggio intorno al mondo, Lan è introdotto da Maylu nel sistema di NetCity, una città virtuale in cui tutti i Net-Navi possono interagire tra loro. Nel frattempo, un misterioso Net-Navi di nome AirMan, intrappola Yai nella sua stanza da bagno, riempiendola di vapore caldo. Lan e Maylu corrono a casa di Yai per salvarla, mentre MegaMan affronta AirMan, il quale afferma di essere un membro di Grave, un nuovo sindacato net-criminale che minaccia non solo il mondo reale, ma anche la rete di NetCity.

Una strana piogga di virus incombe su Netcity, distruggendola. MegaMan e compagni si connettono alla rete di NetCity per respingere i virus, scoprendo così una fabbrica sotterranea che è la fonte del caos. Quando però MegaMan penetra all'interno della fabbrica per distruggerla, incontra ShadowMan, un Net-Navi assassino assunto dalla Grave appositamente per eliminarlo.

Dopo un tracollo finanziario del suo negozio di Battlechips, un misterioso benefattore, Mr. Gauss, si offre di aiutare Higsby a risalire la china e, in breve tempo, l'ex professore diventa molto ricco; contemporaneamente la famiglia di Yai finisce in rovina. Gauss ne è responsabile: utilizzando MagnetMan, un Net-Navi malvagio in grado di manovrare i conti dei clienti della banca centrale, Gauss ha infatti trasferito i soldi della Ayano Tech a Higsby, che non sa di essere entrato in loschi affari con la Grave. Lan e Chaud indagano la situazione per aiutare Yai, e scoprono che dietro tutto c'è Mr. Gauss. Dopo che MegaMan e ProtoMan riescono a battere MagnetMan, purtroppo Gauss riesce a fuggire.

Sal porta i bambini in campeggio nella valle di Okudan. Qui incontra un amico d'infanzia di nome Dave, appassionato di animali e della salvaguardia dell'ambiente. Dave è diventato però un membro della Grave, che prevede di utilizzare il suo Net-Navi QuickMan per distruggere la diga idroelettrica della valle e inondare la città. Ben presto tutto ciò si scopre essere solo un bluff orchestrato da Dave per attirare l'attenzione dei cittadini verso la sicurezza ambientale, ma CutMan, un altro Net-Navi membro della Grave, appare per finire il lavoro e distruggere realmente la diga. A questo punto Lan deve intervenire prontamente con un cambio di stile per MegaMan, combinando il suo Net-Navi a quello di Sal per sconfiggere CutMan.

Durante una tremenda ondata di caldo a Dentech City, viene introdotto sul mercato un pinguino robot ad aria condizionata, ma i reali distributori sono quelli della Grave. Ben presto, i pinguini iniziano a ricoprire tutta Dentech City con uno strato di ghiaccio. Lan, unico superstite del freddo glaciale che ha investito la città, riesce a spedire MegaMan a NetCity e scopre che un Net-Navi solitario della Grave, FreezeMan, è il diretto responsabile di questo pasticcio. FreezeMan viene poi sconfitto con l'aiuto di un altro Net-Navi denominato HeatMan.

Gli eventi degli ultimi episodi vengono rivisti attraverso il punto di vista degli ex membri della Mondo Tre. Questo episodio narra la soppressione di TorchMan per mano di FreezeMan, e la sua successiva rinascita sotto forma di HeatMan grazie agli sforzi di un enigmatico ragazzo che ha offerto a Mr. Match di far rivivere il suo Net-Navi.

I cinque fratelli minori di CutMan, la famiglia Cesoia, dichiarano vendetta contro MegaMan per l'eliminazione del loro fratello maggiore. Adescando MegaMan in un falso quartiere virtuale simile a China Town, cominciano ad attaccare con una raffica di guerrieri Origami. Mentre Lan non riesce a connettere il suo Pet alla rete per rintracciare MegaMan e potenziarlo con i Battlechips, arrivano Chaud e ProtoMan che aiutano nel salvataggio di MegaMan. Dietro i fratelli Cesoia si nasconde però il potente Net-Navi Shadow-Man.

Lan incontra un ragazzo di nome Whip, senza sapere che in realtà è la principessa Pride di Brightland, fuggita dal suo palazzo travestita da maschio per poter trascorrere una giornata in libertà come una persona qualunque. Nel frattempo FreezeMan incarica ShadowMan di impossessarsi del programma di protezione antivirus di cui è dotato KnightMan, il Net-Navi della principessa Pride. Lan e MegaMan aiutano la loro nuova amica nella lotta contro ShadowMan.

Tora e il suo NetNavi KingMan sono campioni mondiali di Net Scacchi; quando scopre che Lan di Dentech City potrebbe essere un avversario formidabile, decide di sfidarlo. Tora inganna però il suo avversario in una battaglia a Net Scacchi (a cui Lan non sa giocare) chiedendo in caso di vittoria MegaMan come premio. Maylu e Roll si uniscono allora a Lan e MegaMan per aiutare a sconfiggere Tora al suo stesso gioco, ma appare anche ShadowMan.

Il cane virtuale di Maylu, Rush, appare nel mondo reale e contemporaneamente tutti i Net-Navi cominciano a trasformarsi in gatti; sembra infatti che un potente virus gatto sia scappato dai laboratori di ricerca in cui lavora il padre di Lan e, se non venisse fermato, i Net-Navi di tutto il mondo assumeranno permanentemente sembianze feline. L'unico in grado di rintracciare il virus gatto che si è ingigantito e scorazza liberamente per Dentech City è il solo Rush.

Maddy si sta annoiando a lavorare nel ristorante di curry con i suoi ex compagni di squadra della Mondo Tre, così prende al volo l'opportunità di aderire alla Grave quando Mr. Gauss le offre di diventare la sua assistente personale. Gauss ha intenzione di eliminare il Comandante Beef e i suoi Net-Agenti Segreti ad una festa in costume, ma Maddy si rende conto che i mezzi utilizzati dalla Grave sono troppo pericolosi e malvagi e manda WackoMan a salvare Lan, MegaMan e tutti gli altri.

Kyuta, un nuovo studente nella classe di Lan, è il figlio del famoso giocatore di baseball Kyuma Hoshida, ma è depresso perché deve trasferirsi dalla sua vecchia città. Per tirarlo su di morale, Lan e tutti i suoi amici a DenTech City lo invitano a una partita di NetBaseball.

La Principessa Pride di Brightland chiede l'aiuto di Lan e dei suoi amici quando il suo Net-Navi KnightMan si rivolta contro di lei. Tuttavia, KnightMan ha agito sotto i poteri ipnotici di MoltanicMan, un Net-Navi solitario inviato dal rivale regno di Darkland, il quale progetta di distruggere i firewall di difesa di Brightland ed invadere così il paese.

Mentre indaga sul malfunzionamento dei sistemi di una stazione spaziale sulla Luna, il Comandante Beef resta improvvisamente bloccato all'esterno, con una fornitura d'aria limitata. Lan e i suoi amici inviano i loro Net-Navi nella rete lunare per salvarlo; Qui, MegaMan e GutsMan incontrano il misterioso Net-Navi alieno PlanetMan, e una battaglia molto difficile ne consegue. L'Unico modo per battere PlanetMan è attivare un codice segreto che potenzia MegaMan all'inverosimile grazie ad un nuovo Cambio di Stile che simula la potenza del Programma Avanzato.

Gli ex membri della Mondo Tre vengono a conoscenza di un raro chip da battaglia lasciato dal malvagio Mr. Wily e nascosto su un'isola congelato che potrebbe rilanciare la loro organizzazione criminale. Mr. Match, il Conte Zap, Maddie e Yahoot vanno a recuperarlo, mentre Lan e i suoi amici cercano di fermarli. Improvvisamente Mr. Gauss della Grave fa la sua apparizione e rivela di essere il fratello maggiore del Conte Zap; ne segue una lotta per riuscire ad impossessarsi del chip.

La AyanoTech introduce un nuovo gioco di corse automobilistiche per i Net-Navi su Internet, e tutti i nostri eroi sono invitati a partecipare alla gara inaugurale. Anche I Net-Agenti, La Mondo Tre e Chaud e il suo ProtoMan parteciperanno alla corsa. Tuttavia i Fratelli CutMan intendono sabotare le prestazioni di MegaMan.

L'attacco finale della Grave inizia quando viene risvegliato il Virus Bestia, un enorme mostro che inizia ad assorbire tutti i Net-Navi del mondo cibernetico. Giunto all'arena degli incontri di Net-City, il Virus Bestia minaccia di eliminare anche MegaMan e Protoman, ma un Net-Navi misterioso chiamato Bass sembra riuscire a scacciare il mostro, domando all'ultimo istante la sua furia.

FreezeMan viene inviato a catturare Bass, ma Mr.Match e HeatMan intervengono per vendicarsi dell'eliminazione di TorchMan. Bass intanto cattura MegaMan ed inizia a leggere i suoi ricordi al fine di scoprire la verità sulla sua esistenza: lui e il Virus Bestia sono stati creati a partire dai dati di PharaohMan; questo perché il vero leader della Grave si rivela essere in realtà lo stesso Mr. Wily. Nel frattempo, ProtoMan si scontra a Net-City con il virus Bestia, ma finisce per essere eliminato nel tentativo di salvare un giovane Net-Navi.

Il Virus Bestia della Grave continua ad assorbire tutti i Net-Navi della rete. Lan e i suoi amici fanno squadra con gli ex membri della Mondo Tre per cercare di fermare la più tremenda minaccia che mai abbiano affrontato finora; tuttavia, Mr. Gauss e MagnetMan intervengono a difesa del Virus Bestia, e uno strano bug lasciato da Bass nel sistema di MegaMan inizia lentamente a consumarlo. Nel frattempo, Bass tenta di assorbire tutto il potere del Virus Bestia, ma finisce egli stesso assorbito al suo interno. Mr.Wily infine si manifesta a tutti come capo supremo della Grave, svelando di aver progettato il Virus Bestia partendo dai dati residui di PharaoMan e che anche Bass è un prodotto incompleto elaborato dai dati di quest'ultimo.

Mentre HeatMan elimina FreezeMan, ElecMan aiuta a scongiurare la minaccia di MagnetMan, sacrificandosi con quest'ultimo al fine di permettere a MegaMan di distruggerlo con il potere del Cambio di Stile del Codice Segreto. Quando il Virus Bestia della Grave prepara il suo attacco finale a Net-City ed ogni speranza di salvezza è ormai lontana, MegaMan appare improvvisamente in un nuovo stile bug che gli permette di assorbire in sé tutti i dati del virus e della rete. Tuttavia, grazie agli sforzi di Lan, MegaMan ritorna in vita e tutto torna alla normalità. Mr. Wily scopre però che Bass non è stato definitivamente annientato, ma è sopravvissuto trasferendo i suoi dati nel suo fantoccio robotico, ed ora vive nel mondo reale.

Quando un robot aspirapolvere risucchia i PET di tutti, Yai e le sue amiche sono costrette a esplorare le profondità delle trappole esplosive di villa Ayano per recuperare i loro Net-Navi rubati. La comica e goffa cameriera di Yai, Sakurako, rende la ricerca più difficile per tutto il gruppo.

L'insegnante di Lan e degli altri ragazzi, Miss Mari, è innamorata del Comandante Beef e non riesce a pensare ad altri che a lui. Higsby, innamorato della maestra e geloso del nuovo pretendente, sfida Maysa e il Comandante Beef (ignorando che siano la stessa persona) a competere per il cuore della donna in un torneo di NetBattle. Higsby e NumberMan vengono subito sconfitti da Beef e SharkMan, invece Maysa non avendo un suo Net-Navi viene sostituito da Lan e MegaMan che riescono a battere SharkMan. Nonostante tutto Miss Mari è felice per la vittoria di Lan.

Il fratellino di Dex, Chisao, è in visita da Netopia, ma Dex resta molto imbarazzato quando Chisao dimostra di essere un Net-Battler migliore di suo fratello maggiore. Nel frattempo Saburo, il proprietario di un negozio di nudolini (tagliatelle orientali) concorrente del ristorante di Curry di Yahoot, vorrebbe far chiudere il rivale e trucca il suo Net-Navi Noodleman affinché assomigli ad una perfetta copia di GutsMan. Corrompe quindi Chisao (dopo aver ammirato la sua splendida tecnica di battaglia) spingendolo ad attaccare il ristorante degli ex membri della Mondo Tre.

Al fine di ottenere la firma di un contratto per la BlazeQuest, Chaud si ritrova a fare commissioni per il proprietario della società, Maeda, il quale sta lavorando su un nuovo prototipo di tecnologia Pet. Uno dei tecnici di Maeda decide però di rubare i dati a scopo di lucro e ProtoMan affronta DrillMan per fermarlo.

Durante una ricerca sulla tecnologia di base dimensionale, il dottor Hikari resta intrappolato in un centro commerciale. Lan e tutti i suoi amici irrompono per salvarlo, solo per scoprire che i virus sono apparsi nel mondo reale. Fortunatamente, anche MegaMan e gli altri Net-Navis si materializzano nel mondo reale per aiutare a salvare il dottor Hikari da un terribile virus letale.