Proteína homóloga – Wikipédia, a enciclopédia livre

Proteínas homólogas são proteínas que derivam de um "ancestral comum". Podem estar presentes numa mesma espécies, tendo derivado por duplicação de genes no genoma de um organismo, por paralogia; ou em espécies diferentes, estando o ancestral comum da proteína presente na espécie ancestral comum às duas espécies.

Recursos sobre superfamílias de proteínas[editar | editar código-fonte]

Varias bases de dados biológicas documentam as superfamílias proteicas e enovelamentos proteicos; como por exemplo:

  • Pfam - Base de dados de famílias proteicas de alinhamentos e de HMMs[1]
  • PROSITE - Base de dados de domínios de proteínas, famílias e sítios funcionais[2]
  • InterPro - SuperFamily Classification System[3]
  • PASS2 - Protein Alignment as Structural Superfamilies v2
  • SUPERFAMILY - Biblioteca de HMMs que representa superfamílias e bases de dados de anotações (superfamílias e famílias) para todos os organismos totalmente sequenciados[4]
  • SCOP e CATH - Classificações de estruturas de proteínas em superfamílias, famílias e domínios[5][6]

Igualmente, existe algoritmos que obtém no PDB proteínas com homologia estrutural com uma estrutura central dada; por exemplo:

  • DALI - Alinhamento estrutural baseado num método de matriz de alinhamento de distância.[7]

Referências

  1. ↑ Finn, Robert D.; Mistry, Jaina; Tate, John; Coggill, Penny; Heger, Andreas; Pollington, Joanne E.; Gavin, O. Luke; Gunasekaran, Prasad; Ceric, Goran (janeiro de 2010). «The Pfam protein families database». Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D211–222. ISSN 1362-4962. PMID 19920124. doi:10.1093/nar/gkp985 
  2. ↑ Sigrist, Christian J. A.; Cerutti, Lorenzo; de Castro, Edouard; Langendijk-Genevaux, Petra S.; Bulliard, Virginie; Bairoch, Amos; Hulo, Nicolas (janeiro de 2010). «PROSITE, a protein domain database for functional characterization and annotation». Nucleic Acids Research. 38 (Database issue): D161–166. ISSN 1362-4962. PMID 19858104. doi:10.1093/nar/gkp885 
  3. ↑ Finn, Robert D.; Attwood, Teresa K.; Babbitt, Patricia C.; Bateman, Alex; Bork, Peer; Bridge, Alan J.; Chang, Hsin-Yu; Dosztányi, Zsuzsanna; El-Gebali, Sara (4 de janeiro de 2017). «InterPro in 2017-beyond protein family and domain annotations». Nucleic Acids Research. 45 (D1): D190–D199. ISSN 1362-4962. PMID 27899635. doi:10.1093/nar/gkw1107 
  4. ↑ Wilson, Derek; Pethica, Ralph; Zhou, Yiduo; Talbot, Charles; Vogel, Christine; Madera, Martin; Chothia, Cyrus; Gough, Julian (janeiro de 2009). «SUPERFAMILY--sophisticated comparative genomics, data mining, visualization and phylogeny». Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D380–386. ISSN 1362-4962. PMID 19036790. doi:10.1093/nar/gkn762 
  5. ↑ Lo Conte, L.; Ailey, B.; Hubbard, T. J.; Brenner, S. E.; Murzin, A. G.; Chothia, C. (1 de janeiro de 2000). «SCOP: a structural classification of proteins database». Nucleic Acids Research. 28 (1): 257–259. ISSN 0305-1048. PMID 10592240 
  6. ↑ Dawson, Natalie L.; Lewis, Tony E.; Das, Sayoni; Lees, Jonathan G.; Lee, David; Ashford, Paul; Orengo, Christine A.; Sillitoe, Ian (4 de janeiro de 2017). «CATH: an expanded resource to predict protein function through structure and sequence». Nucleic Acids Research. 45 (D1): D289–D295. ISSN 1362-4962. PMID 27899584. doi:10.1093/nar/gkw1098 
  7. ↑ Holm, L.; Sander, C. (2 de agosto de 1996). «Mapping the protein universe». Science (New York, N.Y.). 273 (5275): 595–603. ISSN 0036-8075. PMID 8662544 
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