З початком виникнення українського козацтва Сороки, які були розташовані в стратегічному місці біля броду через Дністер, потрапляють до зони козацьких інтересів. Першим козацьким гетьманом, що перебував в Сороках, став Іван Підкова, який в 1578 році був молдовським господарем. А в 1593 році козацькі війська Григорія Лободи поверталися після вдалого походу на молдавське місто Оргіїв через Сороки. Ні турки, ні молдавани, ні буджацька орда не змогли їм перешкодити повернутися на Поділля. В жовтні 1594 року дванадцятитисячне козацьке військо під керівництвом Григорія Лободи та Северина Наливайка спокійно переправилося через Дністер в Сороках і рушили далі вглиб Молдови. В 1621 році, під час Хотинської війни, сорокатисячне козацьке військо Якова Бородавки, що рушило назустріч туркам, захопило місто та зруйнувало фортецю. В квітні 1653 року Сороки були зайняті козацьким військом під час молдавського походу Тимоша Хмельницького. Місто Сороки згадується в відомій українській думі«Богдан Хмельницький і Василь Молдавський». В думі розповідається про війну Богдана Хмельницького з молдавським господарем.
Оттогді ж то, як до річки Дністра прибував, На три часті козаків переправляв, А ще до города Сороки прибував, Під городом Сорокою шанці копав, У шанцях куренем стояв...
Оттогді ж то Хмельницький, як сії слова зачував, Так він сам на доброго коня сідав, Коло города Сороки поїжджав, На город Сороку поглядав І ще стиха словами промовляв: «Ей, городе, городе Сороко! Ще ти моїм козакам-дітям не заполоха, Буду я тебе доставати, Буду я з тебе великії скарби мати, Свою голоту наповняти, По битому тарелю на місяць жаловання давати». Оттогді-то Хмельницький як похваливсь, Так гаразд-добре й учинив: Город Сороку у неділю рано задобіддє взяв, На ринку обід пообідав, К полудній годині до города Січави припав[4].