Al toen voor het eerst bekend werd dat de Japanse GP verplaatst werd van de Suzuka International Racing Course (eigendom van Honda) naar de Fuji Speedway maakte Honda bekend daar niet aan te zullen treden. Men nam aan dat Honda beledigd was omdat er een ander circuit werd gekozen, maar Hans Hugenholtz, directeur van het Honda Racing Circuit Advisery Office, maakte bekend dat men het circuit niet veilig vond. Honda verscheen inderdaad niet, waardoor men een grote kans op de 50cc-wereldtitel liet schieten. Tijdens de eerste trainingen met de 125cc-Kawasaki A1-R raakte Ernst Degner ernstig gewond. Het zou het einde van zijn carrière inluiden.
De 350cc-race werd gewonnen door de 254cc-Yamaha RD 05 A
In Japan weigerde Honda aan de start te komen. Zelfs toen konden andere merken met hun 350cc-racers niet winnen. De eerste twee plaatsen gingen naar Phil Read en Bill Ivy met hun 254cc-Yamaha RD 05 A. Pas op de derde plaats eindigde een "echte" 350: Alberto Pagani met een Aermacchi Ala d'Oro 350. Benelli had Frank Perris met een Benelli 350 4C ingeschreven, maar verscheen niet omdat de organisatie wel de overtocht van Perris en zijn machines wilde vergoeden, maar niet de reiskosten van een monteur.
Honda was het niet eens met de keuze voor de Fuji Speedway en verscheen uit principiële overwegingen niet bij haar eigen thuis-Grand Prix. Dat betekende bijna automatisch dat men de 50cc-wereldtitel opgaf, want Hans Georg Anscheidt had nu aan een tweede plaats genoeg om wereldkampioen te worden. Vreemd genoeg werd hem die tweede plaats bijna door een teamgenoot onthouden. De race werd namelijk gewonnen door Yoshimi Katayama. Anscheidt werd weliswaar tweede, maar het verschil met Hugh Anderson bedroeg slechts 0,1 seconde. Als Anderson iets sneller was geweest, was de wereldtitel alsnog naar Ralph Bryans gegaan. John Cooper en Chris Vincent waren door Suzuki uitgenodigd om met de twee jaar oude eencilinder-Suzuki RM 64 te rijden, maar komen in de uitslag niet voor. Bridgestone kon eindelijk gebruikmaken van de diensten van Tommy Robb, die door het uitstellen van de TT van Man langer dan verwacht aan zijn contract met Suzuki was gebonden. Het had al weken voor de Japanse Grand Prix ook Jack Findlay over laten komen om te helpen met de ontwikkeling van de racemotoren.
↑Tarquinio Provini was tijdens de training van de TT van Man veel ernstiger gewond geraakt dan met op dit moment dacht. De artsen dachten dat hij zou genezen, maar hij raakte grotendeels verlamd en racete nooit meer.
↑ abJim Redman had tijdens de trainingsweek van de TT van Man aangegeven te zullen stoppen met racen.
↑ abcdNiet gefinisht, niet deelgenomen of niet geregistreerd.
French
Deutsch
Grand Prix-wegrace van Japan 1966 .svg)
.svg){kind=small}
Bill Ivy 
Alberto Pagani 
Hans Georg Anscheidt 
Hugh Anderson 
František Šťastný
Heinz Rosner
Jack Ahearn.svg){kind=small}
Bruce Beale
.svg){kind=small}
Mike Duff
.svg){kind=small}
Luigi Taveri
.svg){kind=small}
Ángel Nieto
· 
· 